2003 - 2004 Yılları Kanalizasyon projesi yapıldı ve uygulandı. Öğrenci bölümü, manastırın en sakin bölümünde fiziki ortam iyileştirmek suretiyle oluşturuldu. Elektrik kesilmelerine karşı, jeneratör tesis edildi.     Arıtma tesisi alt yapısı oluşturuldu. Merkezi ısıtma sistemi geliştirilerek yenilendi.

2005 - 2006 Yılları

Ziyaretçi Karşılama Merkezi inşa edildi ve hizmete açıldı. Her türlü aracın, düzen içinde park edebileceği otopark alanı oluşturuldu. AB Kültürel Mirası koruma fonundan, kapsamlı restorasyon için fon temin edildi.   Manastır ile Ziyarteçi Karşılama Merkezi arasında kalan bahçe ve yürüme yolları düzenlendi. Açıkta duran elektrik trafosu manastırdan uzaklaştırılarak, hatlar yer altına alındı. AB fonu ile gerçekleştirilecek restorasyonun detay projeleri yapıldı ve kurul onayı alındı.

2007 - 2008 Yılları

Manastır öncelikle beton dam ve çimentolu görüntülerden kurtarıldı. Yağmur inişleri, taş oluklardan bakır borularla yapılandırıldı. Azizler Evi ve Mor Hananyo kilisesi iç hacimleri ve Azizler evinin dilimli kubbesi restore edildi. Güneş enerjisi kolektörleri, manastır arkasında bahçe seviyesinde tesis edildi.   Damlar, su inişlerine eğimlendirilerek izolasyonları yenilendi ve orijinal hali olan toprak örtü ile sonlandırıldı. Gezilen teraslar, betondan arındırıldı. İzolasyon koşulları iyileştirilerek doğal taş kaplandı. Ana mutfak, yemekhane, çamaşırhane ve ziyaretçi WC’leri çağdaş normlarda yenilemesine, proje ve uygulama desteği verildi.

2009 - 2010 Yılları

Süryani kültürünü tanıtım sergisi, projenin uygulanacağı mekanlarda ilk hazırlık çalışmaları yapıldı. Erozyonu önlemek ve yeşillendirmek amacıyla manastır çevresinde ağaçlandırma yapıldı.   Ziyaretçi tesislerinin daha iyi işletilmesi ve manastır arazilerinden tarım yolu ile fayda sağlamak üzere bir anonim şirket kuruldu. Mayıs 2010’da, İstanbul’da dernek üyelerini bilgilendirme toplantısı yapıldı.