Manastır, Milattan önce Güneş Tapınağı, daha sonra da Romalılarca kale olarak kullanılan bir kompleks üzerine inşa edildi. Romalılar bölgeden çekilince Aziz Şleymun bazı azizlerin kemiklerini buraya getirterek kaleyi manastıra çevirdi.

Bu nedenle Manastır, önceleri Mor Şleymun Manastırı olarak biliniyordu. Mardin ve Kefertüth Metropoliti Aziz Hananyo’nun 793 yılından başlayarak büyük bir tadilat yapmasından sonra Manastır onun adıyla, Mor Hananyo Manastırı olarak bilindi. 15. yüzyıldan sonra da Manastır’ın etrafında yetişen zafaran (safran) bitkisinden dolayı Manastır, Deyrulzafaran (Safran Manastırı) adı ile anılmaya başlandı.

Kubbeleri, kemerli sütunları, ahşap el işlemeleri, iç ve dış mekanlardaki taş nakışları ile insanın ilgisini çeken Deyrulzafaran Manastırı, uzun tarihi boyunca Süryani Kilisesi’nin dini eğitim merkezlerinden biriydi. Bölgeye ilk matbaayı getiren kişi de yine bu Manastır’da patriklik yapan ve 1895’te vefat eden 4. Petrus’tur. 1874 yılında İngiltere’ye yaptığı bir ziyaret sırasında satın aldığı matbaayı 1876 yılında Manastır’a getirtti. Matbaada 1969 yılına kadar başta Süryanice olmak üzere Arapça, Osmanlıca ve Türkçe kitaplar ile 1953’e kadar Öz Hikmet adında aylık bir dergi basılıyordu. Matbaadan geriye kalan parçaların bir kısmı Manastır’da diğer bir kısmı da Mardin’deki Kırklar Kilisesi’nde sergilen-mektedir. 

Manastır bugün de Süryani Kilisesi’nin önemli dini merkezlerinden biridir. Mardin Metropoliti’nin ikametgahı olan Deyrulzafaran Manastırı, dünyanın dört bir yanına dağılmış Süryaniler tarafından dua ve bereket almak için ziyaret edilir. Yine binlerce yerli ve yabancı turist, kısa veya uzun bir yol kat ederek Manastır’ı ziyaret etmektedirler.